明治9年、上杉謙信、上杉鷹山を祭神として、米沢城本丸跡に建立。
明治35年に別格官幣社(べっかくかんぺいしゃ=明治政府が定めた神社の位置づけ、分類を表す。国に尽力した人物を祀る神社)に指定され、このとき祭神は謙信のみとなり、鷹山は摂社に祀られ松岬神社となる。
大正8年に起こった米沢大火で類焼、ほとんどの建物が焼け落ちてしまったが、その後国からの援助金や米沢市民の労働奉仕などにより、大正12年、現在の神社が完成。
設計は米沢出身で、神社建築の第一人者伊東忠太博士。
上杉神社は今でも米沢市民の心の支えとなっていて、初詣やお宮参り、結婚式や安全祈願など、四季を問わず多くの市民が訪れています。
境内に上杉氏ゆかりの文化財を多数収蔵する稽照殿が、近くに米沢市上杉博物館がある。 例祭4月29日。米沢上杉まつり・上杉雪灯篭まつりの会場。 桜の名所。