明治24年（1881）建立

天正６年（1578）に越後・春日山城で亡くなった上杉謙信の遺骸は、上杉家の移封に伴い、春日山から会津若松、そして米沢城に運ばれました。慶長17年（1612）、この場所に謙信の遺骸を祀る御堂（みどう）が完成し、江戸時代を通じて城内随一の聖域として崇められました。明治９年（1876）、謙信の遺骸は上杉家の廟所に移され、明治24年（1891）に、この「祠堂遺趾之碑」が建てられました。
御堂の変遷については、米沢市の公式サイト「城下町ふらり歴史探訪」の「長命寺本堂」をご覧ください。